یکی از مشکلات پژوهش در مدارس این است که اگر به سبک سنتی عمل شود (یعنی در طول سال هر یک از استادان لااقل یک پژوهش از هر دانش ­آموز بخواهد و برای آن نمره در نظر بگیرد)، دانش ­آموزان با طرح مشکل کمبود وقت و زیادی تکالیف و پیش کشیدن بحث کنکور، لب به شکایت باز می­کنند و در نهایت هم به اصطلاح معروف، به «تبدیل نسخ چاپی به نسخ خطی»(!) اکتفا  می­کنند. بعد از ورود به دانشگاه ناآشنایی با اصول اولیه پژوهش، برای دانش ­آموز دیروز و دانشجوی امروز دردسرآفرین شده و به تدریج پژوهش به امری بی ­معنا، زاید و مزاحم تبدیل می­شود.

تنها آموزش خشک و تئوریک روش پژوهش هم دردی را دوا نکرده و نمی­کند زیرا معمولاً با این درس مهارتی مثل یک درس حفظی برخورد می­شود؛ در نتیجه در بهترین حالت،      دانش­ آموزان تنها دستورالعمل­ هایی را از بر می­کنند که به هیچ وجه از نحوه کاربرد آنها اطلاعی ندارند. مثل کسی که فرمول­های ریاضی را حفظ کرده ولی از حل ساده ­ترین مسائل ناتوان است یا همانند فردی که شنا کردن را در کلاس درس و روی کاغذ آموخته است نه در استخر و میان آب.

از طرف دیگر کتابخانه مدرسه (اگر وجود داشته باشد یا منابع کافی در آن یافت شود) نیز معمولاً حالت تعطیل یا نیمه تعطیل دارد و با کمبود مراجعه ­کننده روبه ­رو است. دانش ­آموز علت و انگیزه چندانی برای مراجعه به کتابخانه نمی­ یابد و به سادگی از خیر کتاب و کتابخوانی می­گذرد و سعی می­کند برای کنکور آماده شود.

شورای مدرسه فرهنگ، بعد از چندین جلسه بحث و تبادل نظر و استفاده از تجارب دیگران، برای حل هم­زمان همه این مشکلات در هم تنیده و پرهیز از آسیب­های ذکر شده، طرح «پژوهش دانش ­آموزی» را ارائه کرد. این طرح بعد از چندین سال اجرای موفق­ و کسب تجارب عملی، بارها ویرایش شد و اکنون ویرایش پنج آن پیش روی شما قرار دارد.