یکی از مشکلات پژوهش در مدارس این است که اگر به سبک سنتی عمل شود (یعنی در طول سال هر یک از استادان لااقل یک پژوهش از هر دانش آموز بخواهد و برای آن نمره در نظر بگیرد)، دانش آموزان با طرح مشکل کمبود وقت و زیادی تکالیف و پیش کشیدن بحث کنکور، لب به شکایت باز میکنند و در نهایت هم به اصطلاح معروف، به «تبدیل نسخ چاپی به نسخ خطی»(!) اکتفا میکنند. بعد از ورود به دانشگاه ناآشنایی با اصول اولیه پژوهش، برای دانش آموز دیروز و دانشجوی امروز دردسرآفرین شده و به تدریج پژوهش به امری بی معنا، زاید و مزاحم تبدیل میشود.
تنها آموزش خشک و تئوریک روش پژوهش هم دردی را دوا نکرده و نمیکند زیرا معمولاً با این درس مهارتی مثل یک درس حفظی برخورد میشود؛ در نتیجه در بهترین حالت، دانش آموزان تنها دستورالعمل هایی را از بر میکنند که به هیچ وجه از نحوه کاربرد آنها اطلاعی ندارند. مثل کسی که فرمولهای ریاضی را حفظ کرده ولی از حل ساده ترین مسائل ناتوان است یا همانند فردی که شنا کردن را در کلاس درس و روی کاغذ آموخته است نه در استخر و میان آب.
از طرف دیگر کتابخانه مدرسه (اگر وجود داشته باشد یا منابع کافی در آن یافت شود) نیز معمولاً حالت تعطیل یا نیمه تعطیل دارد و با کمبود مراجعه کننده روبه رو است. دانش آموز علت و انگیزه چندانی برای مراجعه به کتابخانه نمی یابد و به سادگی از خیر کتاب و کتابخوانی میگذرد و سعی میکند برای کنکور آماده شود.
شورای مدرسه فرهنگ، بعد از چندین جلسه بحث و تبادل نظر و استفاده از تجارب دیگران، برای حل همزمان همه این مشکلات در هم تنیده و پرهیز از آسیبهای ذکر شده، طرح «پژوهش دانش آموزی» را ارائه کرد. این طرح بعد از چندین سال اجرای موفق و کسب تجارب عملی، بارها ویرایش شد و اکنون ویرایش پنج آن پیش روی شما قرار دارد.